Le lycée Jean de la Fontaine fut construit de 1935 à 1938 sur l'emplacement des anciennes fortifications de la ville de Paris. Il a la forme d'un "quadrilatère ouvert". On pénètre dans l'établissement par de grandes portes en fer forgé. C'est un lieu de lumière, avec des volumes bien construits, des lignes épurées et décoratives. D'un style caractéristique de son époque, il a été dessiné par l'architecte : HÉRAUD.

Appelé tout d'abord Le lycée de la porte molitor, il est l'annexe du lycée Molière. C'est par un décret du 1er juin 1938 que le lycée devient autonome et reçoit le nom de Lycée La Fontaine. Le 4 octobre 1938, le lycée La Fontaine ouvre ses portes à plus de sept cents élèves filles avec à sa tête madame Valensin qui restera directrice jusqu'en 1951.

La cérémonie d'inauguration officielle reportée à la rentrée 1939 n'eut jamais lieu. A la rentrée, on était en guerre.

Le 5 Août 1940 le lycée La Fontaine était réquisitionné et affecté aux services administratifs de la Marine allemande. Les élèves et le personnel trouvèrent refuge au lycée Janson de Sailly. L'exil dura cinq ans.

En août 1944, l'armée américaine le réquisitionna à son tour pour les besoins de son service de santé, et en fit un hôpital.
Ce n'est qu'à la rentrée d'octobre 1945, que le lycée La Fontaine se retrouva dans ses murs. Mademoiselle Rousselle, profita de la réforme de l'enseignement  et anima les équipes d'enseignants des classes nouvelles jusqu'en 1951. Elle est à l'origine de la première bibliothèque du Lycée.

En 1970 le lycée La Fontaine devient un lycée mixte. En 1974 un collège 900 y est intégré. En 1976 deux sections artistiques (musique et danse) menant au baccalauréat sont créées.

En 1993, un auditorium baptisé depuis Yves Lancelin (proviseur du Lycée jusqu'en 2005) est inauguré. Avec un accès sur l'extérieur, il peut accueillir de nombreux spectacles ou concerts. Rentrée 2001 les élèves de la Maîtrise de Radio France intègrent les classes à horaire aménagés de la 6ème à la 3ème. En novembre 2002 le CDI s'ouvre dans de nouveaux locaux construits sur un des gymnases du Lycée.