À chaque niveau, des enseignements complémentaires font partie des 26 heures d'enseignement obligatoire :
- l'accompagnement personnalisé pour soutenir la capacité d'apprendre et de progresser en développant l'autonomie des élèves et diverses compétences transversales ;
- les enseignements pratiques interdisciplinaires (EPI) pour construire et approfondir des connaissances et des compétences par une démarche de projet conduisant à une réalisation concrète, individuelle ou collective.
Les enseignements complémentaires s'appuient sur les programmes d'enseignement. Toutes les disciplines y contribuent, à raison de 3 heures hebdomadaires en 6e et 4 heures hebdomadaires au cycle 4. Les deux formes sont possibles dès la classe de 6e, et chaque élève doit avoir bénéficié des deux pendant le cycle 4.
Pour les élèves de 6e, les sciences expérimentales et la technologie peuvent faire l'objet d'un enseignement dans chaque discipline ou d'un enseignement intégré de science et technologie (EIST), en conservant l'horaire global des 3 disciplines (sciences de la vie et de la Terre, physique-chimie, technologie).
Des enseignements facultatifs peuvent être proposés aux élèves volontaires ; ils portent sur les langues et cultures de l'Antiquité, l'introduction d'une deuxième langue vivante dès la 6e, les langues et cultures régionales ou encore sur les langues et cultures européennes. Les élèves de troisième préparatoire à l'enseignement professionnel (3e prépa-pro) bénéficient d'un enseignement de découverte professionnelle.
- en dernière année du cycle 3 (sixième) :
- sur le cycle 4 (cinquième, quatrième, troisième) :