En Première et Terminale générales, le lycée Fénelon propose sept enseignements de spécialités, librement combinables :

* Histoire-Géographie, Géopolitique et Sciences Politiques (HGGSP)
* Humanités, Lettres et Philosophie (HLP)
* LLCE Anglais
* Mathématiques
* Physique-Chimie
* Sciences Économiques et Sociales (SES)
* Sciences de la Vie et de la Terre (SVT)